株券保管振替制度のために作られた株式会社証券保管振替機構(通称：ほふり)は、この制度に沿って株券を一括して管理する機構である。
株券を購入したり譲り受けたりしただけでは、株主権を行使するにおいて発行会社に対抗することはできない。
例えば東京証券取引所においては、大日本印刷(株)、凸版印刷(株)、共同印刷(株)、プロネクサス(株)、瀬味証券印刷(株)、昌栄印刷(株)、図書印刷(株)、サンメッセ(株)及び国立印刷局とされるように、高度な印刷技術と厳しい管理体制を有する一部の印刷会社においてのみ、上場株券の印刷が可能となっている。
株主権の移転（株式の譲渡）は株券の交付のみにより、株券の占有者は適法の所持人と推定される（同条第2項）。会社は、株券を提示され名義書き換えを求められた場合、正当な理由のない限り、これを拒否することはできない。